El Río Santiago, el cual es el más contaminado y explotado de Jalisco. Este es receptor de los efluentes de más de 250 industrias, así como de los más de 815 litros por segundo de aguas residuales municipales sin tratamiento procedentes de la ciudad de Guadalajara.
Según los expertos, éstas son aguas que corren con metales pesados entre ellos plomo, cromo, cobalto, mercurio y arsénico, los cuales se van impregnando en la tierra hasta que también se contamina y se transmite a los productos ahí cultivados.
Aunque los contaminantes de las aguas provienen de muchas fuentes, las principales son de dos tipos según la forma en que se vierten en ellas: de fuentes localizadas (instalaciones Industriales, desbordamientos del drenaje combinado y plantas municipales de tratamiento de aguas residuales), y las de fuentes dispersas (escurrimientos agrícolas, escurrimientos urbanos, escurrimientos mineros, escurrimientos silvícolas).
